近日，園藝學(xué)院范臻教授團(tuán)隊(duì)在《PNAS》(《美國(guó)科學(xué)院院刊》 中科院1區(qū)Top，5年IF=10.8）)發(fā)表了題為“HomoploidHybridization Adds Clarity to the Origins of Octoploid Strawberries”（《同倍體雜交為八倍體草莓起源提供新線(xiàn)索》）的研究成果。該研究提出的整合分析框架通過(guò)同步解決祖先物種鑒定、基因滲入檢測(cè)及多倍化年代估算，推動(dòng)了多倍體基因組分析的發(fā)展，并為研究其他因雜交和不完全譜系分選而難以厘清進(jìn)化關(guān)系的多倍體體系提供了方法論參考。
解析多倍體物種如栽培草莓（八倍體）的復(fù)雜進(jìn)化史具有挑戰(zhàn)性，這既源于潛在祖先物種的數(shù)量繁多，也因不同或相同倍性水平間可能存在雜交事件。本研究結(jié)合網(wǎng)狀系統(tǒng)發(fā)育學(xué)與群體混合分析，闡明了八倍體草莓的起源，并發(fā)現(xiàn)其多倍化前，A亞基因組的祖先存在來(lái)自于其它二倍體物種的基因滲入。這為近年來(lái)圍繞八倍體草莓的二倍體祖先物種鑒定所展開(kāi)爭(zhēng)論提供了新的解釋。
此外，作者基于長(zhǎng)末端重復(fù)序列轉(zhuǎn)座子的插入時(shí)間，估算八倍體草莓及其中間六倍體和四倍體祖先分別形成于約80萬(wàn)年前、200萬(wàn)年前和300萬(wàn)年前。這些結(jié)果不僅調(diào)和了先前關(guān)于亞基因組起源的爭(zhēng)議，還揭示了同倍體雜交在草莓屬（Fragaria）進(jìn)化中被低估的作用。
浙江農(nóng)林大學(xué)為該論文第一單位和通訊作者單位，浙江農(nóng)林大學(xué)園藝學(xué)院范臻教授為論文的第一作者兼共同通訊作者，美國(guó)俄勒岡州立大學(xué)的Aaron Liston教授和佛羅里達(dá)大學(xué)的Vance Whitaker教授為共同通訊作者。佛羅里達(dá)大學(xué)的Douglas Soltis教授和Pamela Soltis教授，匹茲堡大學(xué)的Tia-Lynn Ashman教授，以及已退休的Kim Hummer教授參與了本研究。本研究得到了農(nóng)林大學(xué)人才啟動(dòng)項(xiàng)目等資助。
論文鏈接https://www.pnas.org/doi/10.1073/pnas.2502814122
(園藝學(xué)院草莓分子育種課題組)
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